De deuropening die uitgaf op de grachtbodem en een van de toegangen tot het gangenstelsel zijn geblokkeerd. Als gevolg van de inrichting tot schuilkelder werden er in de Tweede Wereldoorlog twee nieuwe toegangen naar het Minister Goeman Borgesius Plantsoen gemaakt. Deze beide toegangen bestaan tot op de dag van vandaag. Voor het gebruik als 'atoomschuilkelder' werd de caponnière onderverdeeld in een aantal afzonderlijke ruimtes waarvan de twee grootste de eigenlijke schuilkelder vormden. Daarnaast zijn er twee luchtsluizen, een technische ruimte en twee afdelingen waarin toilethokjes werden geplaatst. Door deze ingrepen is de ruimte grofweg in twee soortgelijke helften verdeeld. Voor de presentatie van de expositie wordt uitgegaan van de twee historische schuilkelderperioden.
Deze twee perioden kunnen ruimtelijk van elkaar gescheiden worden gepresenteerd in de caponnière Wilcke, namelijk in de twee helften van de voormalige `atoomschuilkelder'.

De expositie, in- en uitleiding

De meeste bezoekers zullen de expositie betreden vanuit het gangenstelsel aan het einde van een rondleiding of avonturentocht in de kazematten. Voor deze bezoekers begint een bezoek aan de tentoonstelling in de tussenruimte. Deze ruimte is bewust op een zakelijke en functionele manier ingericht zodat meteen duidelijk wordt dat men aan een ander hoofdstuk gaat beginnen. Dit nieuwe hoofdstuk wordt op beknopte wijze ingeleid met een heel korte, duidelijke tekst die op de wand wordt aangebracht. De bezoeker heeft hier in principe de keuze om ofwel langs de kortste weg, naar rechts -via de Koude-Oorlog-schuilkelder- naar buiten te gaan, ofwel de expositie langs de meest logische weg, naar links te volgen en ook het deel over de Tweede Wereldoorlog te bezoeken. Dit deel wordt `1941' genoemd, naar het jaar waarin de woonbuurt boven de schuilkelders getroffen werd door oorlogsgeweld en verwoesting en de gangenstelsels hun waarde als veilig onderkomen bewezen.